最新趨勢》腸道微菌叢全基因分析＋微菌叢植入，讓藥物無效的病人重拾希望

2025.10.28 文 / 癌症問康健編輯部出處 / 癌症問康健瀏覽數 / 3498

「人體是由細胞組成的，但我們體內的細菌數量比細胞還多，大約是1比1.3。」林口長庚醫院微菌治療中心主任李柏賢醫師說，人體腸道裡的微菌叢其實是一個看不見的器官，「我們常說『你吃什麼就成為什麼樣的人』，但現在更準確的說法是『你的細菌想吃什麼，就決定你是什麼樣的人』」。

圖片來源 / 梁惠明攝

全球研究也顯示，當人體腸道菌相失衡，與腸道疾病、代謝異常、癌症、免疫失調甚至神經疾病皆有關聯。美國已於 2022 年與 2023 年核准全球首批微生物治療藥物，正式開啟「微生物藥物時代」。

在微生物藥物時代新趨勢下，台灣醫界與學界的腳步都加快跟上。國科會積極布局，推動「微生物相在精準健康之研發及應用計畫」，整合產學研醫能量，建構本土菌株資料庫並開發臨床應用。

長庚醫院也在國科會「微生物相計畫」支持下，結合臨床與分子檢測技術，率先推出台灣「腸道微菌叢全基因分析」服務，可分析超過 14 萬種微生物與抗藥基因，協助醫師預測腸炎、大腸癌、帕金森氏症等疾病風險，開啟腸道精準醫療新時代。

微菌叢植入（FMT），讓困難梭菌不再「困難」

以困難梭菌（Clostridioides difficile）為例，它是造成嚴重腹瀉的主要原因之一。這種細菌最大的特點就是「治不乾淨、容易復發」。長期使用抗生素、年長者、癌症病人或發炎性腸道疾病患者等，都是高危險族群。李柏賢解釋：「這些人腸道的黏膜常常破破爛爛，細菌就容易附著、造成感染與復發。」

傳統治療困難梭菌感染的方式，是使用抗生素萬古黴素（Vancomycin）。但根據 2013年《新英格蘭醫學雜誌》（NEJM）研究顯示，使用抗生素的治療成功率僅約 3 成。

台灣在 2018 年通過特管辦法，讓臨床可使用「微菌叢植入術」（FMT）治療困難梭菌。

利用糞便發展出的微菌叢植入術，指的是透過健康捐贈者的腸道菌叢，以灌腸、內視鏡方式植入病人腸道，以恢復其腸道菌相平衡，達到治療效果。

長庚醫院於 2019 年成立微菌治療中心與糞便銀行，迄今已完成 339 例治療。李柏賢指出：「FMT針對難治型與反覆感染的困難梭菌患者，成功率約 85%，遠高於傳統治療。」

李柏賢也強調，除了可以透過大腸鏡導入菌液植入微菌叢外，現在的技術也能將菌液製成 8 顆乾粉膠囊，以口服方式植入，對無法清腸或不適合做大腸鏡的病人尤其方便。【糞便微菌叢移植能救命？適合哪些疾病、怎麼做？治療潛力解析】

林口微菌治療中心發展微菌叢膠囊，使用腸溶性不透明膠囊包裹凍乾微菌叢，一次療程共 8 顆膠囊。圖片來源／長庚醫院提供。

長庚的研究也發現，FMT不僅能清除困難梭菌，還能改善腸道的抗藥性菌問題，對發炎性腸道疾病患者、長期使用免疫抑制藥物或抗生素者、年長者及癌症病患來說，能有效控制感染、降低復發風險，讓患者重拾生活品質與健康希望。

「有 5 成患者的抗藥菌在治療後被清除掉，後續的併發症和住院率都顯著下降。」李柏賢強調，從醫療成本面來看，FMT成功率高、復發率低，比反覆使用抗生素更具成本效益。【腸道菌也是癌症早期警訊？研究：部分壞菌讓細胞DNA斷裂、突變風險大增】

先進質譜儀比對技術，找出致病隱形壞菌

除了困難梭菌，長庚也將重心放在找出其他隱形壞菌對健康的長期影響。

李柏賢指出，透過腸道微菌叢全基因分析(Metagenomics)，能一次解析 5,000～6,000 萬個基因片段，比對超過 14 萬種微生物與 6,400 筆抗藥性基因資料庫，為每個人建立專屬的「腸道健康地圖」。透過這項分析，醫師可在疾病尚未出現明顯症狀前，即早掌握腸道失衡的警訊，進行風險預防與營養調整，並依個人菌相特徵擬定個人化健康管理策略。

林口長庚醫院檢驗醫學部部主任黃瓊瑰表示，微菌叢全基因定序已經通過衛福部特管法 LDTS 審查，是目前檢測所有微生物基因（含細菌、黴菌、寄生蟲、病毒、原蟲等）最精準的方法。

李柏賢分享一位 22 歲女性患者的案例。這名年輕女性罹患潰瘍性大腸炎，2 年來飽受劇烈腹痛、頻繁腹瀉與血便困擾，對多種藥物皆無明顯改善，被迫留職停薪、長期困在家中，生活陷入低谷。臨床團隊起初懷疑她合併困難梭菌感染，但多次檢驗結果均呈陰性，診斷一度陷入僵局。

在國科會「微生物相計畫」研究支援下，檢驗醫學部團隊突破傳統診斷框架，利用先進質譜儀（MALDI-TOF MS）技術進行微菌叢全基因定序，比對超過 9,000 筆蛋白質圖譜，最終鎖定真正的致病元凶—無毒梭菌（Clostridium innocuum）。

經過針對性抗生素治療後，患者的腹痛與腹瀉完全解除，症狀不再復發，不僅重拾健康與自信，也順利重返職場。後續大腸鏡追蹤顯示，腸黏膜已完全癒合。